1Pravopisno vejica vsekakor ni potrebna. Prvi del (pred vašo vejico) je namreč prislovno določilo, drugi del pa povedek. Tega načeloma ne ločujemo z vejico. Pri enostavnejšem stavku verjetno vejica ne bi premamila nikogar (npr.: V primeru dežja bo koncert odpovedan.). Vaš stavek pa je rahlo okoren in bi ga lektorji verjetno poskusili zapisati drugače, recimo:

2V primeru, da bo vloga za podaljšanje fr-sl projekta v okviru programa Proteus ugodno rešena, bo nadaljevala z delom ...